في عام 1925 بادر (محمد محمود خليل بك) رئيس جمعية محبي الفنون الجميلة بفكرة تكوين مجموعة من الأعمال كنواة لإقامة متحف للفن الحديث بالقاهرة. في عام 1929 تم تجميع المقتنيات الفنية بسراي (تيجران) ثم انتقلت بعدها إلى مكان مستأجر يقع على تقاطع شارعى فؤاد وعماد الدين سمي بقصر (موصيرى). في 8 فبراير 1931 تم افتتاح المتحف بـ584 قطعة فنية داخل قصر (موصيرى)، في فبراير 1936 انتقل مقر المتحف إلى سراي البستان، في مايو 1940 انتقل المتحف إلى فيلا (الكونت زغيب) بشارع قصر النيل، ومع قرار هدم فيلا (زغيب) 1963 انتقلت المقتنيات إلى فيلا (إسماعيل أبو الفتوح) بالقرب من ميدان فيني بالدقي، وافتتح عام 1966 بأعمال الفنانين المصريين فقط. أقيم المبنى الحالي للمتحف في عام 1936 وهومن تصميم المعماري (مصطفي بك فهمي) وكان يسمى السراي الكبرى، وقد تم إعادة تطويره وتجهيزه ليفي بحاجات العرض المتحفي وليكون المقر الدائم لمتحف الفن المصري الحديث والذي تم افتتاحه رسمياً في أواخر أكتوبر 1991.
ويشمل العرض المتحفي حاليًا الطوابق الثلاثة للمتحف ، بالإضافة إلى عرض في الهواء الطلق في مقدمة المتحف لأعمال النحت كبيرة الحجم.
وقد خضع المتحف لعمليات تطوير متعددة شملت نظم العرض المتحفي والإضاءة والنظم الأمنية خلال الفترات المتعاقبة حيث افتتح في 5/3/2005 .إلى جانب الافتتاح الأخير في 25/11/2020.
ويضم هذا المتحف آلاف الأعمال الفنية المتميزة من إبداعات الفنانين المصريين منذ العشرينات إلى اليوم حيث يحتوى على عدد كبير من الأعمال الفنية في الرسم والحفر والتصوير والخزف والنحت تمثل النبض الحي لواقع وتاريخ الحركة التشكيلية المصرية المعاصرة.