في 1938 رأت وزارة المعارف أن تساهم في تكريم المثال الرائد، محمود مختار بأن تقوم الوزارة بإنشاء متحف لأعماله ومقبرة لوفاته. وفي نفس العام عادت إلى مصر بعض أعمال الفنان الراحل وعرضت بمعرض المثالين الفرنسيين المعاصرين بالجمعية الزراعية (داخل حرم دار الأوبرا حالياً)، وقد قامت بتنظيم المعرض جمعية محبى الفنون الجميلة، ثم قامت الحرب العالمية الثانية وحال قيامها واضطراب الظروف العالمية دون اعادة بقية تماثيل مختار إلى مصر.. عندما استقرت الأمور عاد التفكير في تجميع بقية الأعمال وإقامة المتحف. وعندما تولى د/ طه حسين وزارة المعارف خلال فترة حكم الوفد من 1950 حتى 1952عمل على إعادة بقية أعمال مختار من باريس لإعداد المتحف الذي تعهدت الدولة بإقامته لأعماله.
في ذلك الوقت كان الفنان راغب عياد، زميل مختار يتولى منصب مدير متحف الفن الحديث فاتفق مع وزير المعارف "د. طه حسين" على تحويل هذا الملحق إلى متحف مؤقت لأعمال محمود مختار، بهدف المحافظة عليها، ولاستخدام هذا المتحف كنقطة تجميع لبقية أعماله.
وقد افتتح هذا "الملحق" تحت اسم "متحف مختار" يوم 27 مارس 1952، وكان يضم 59 تمثالاً من الحجر والبرونز والرخام. وصدر يوم الافتتاح الدليل الأول للمتحف.
كان متحف الفن الحديث مقاماً في "سراى الكونت زغيب" (4 شارع قصر النيل بجوار قصر هدى شعراوى، وكلاهما هدم عام 1963)، وكان في ركن حديقة المتحف بناء مستقل (ملحق) كان يستخدم في السابق كجراج وإسطبل لخيول وعربات الكونت.. وعندما تولى الدكتور ثروت عكاشة وزارة الثقافة والإرشاد القومي في الفترة من 1958 حتى 1962 حرص على إقامة بناء جديد خاص لمتحف محمود مختار، فكان أول متحف من نوعه شيدته مصر في بقعة جميلة بالعاصمة بحديقة الحرية بأرض الجزيرة تكريماً للمثال الرائد وتنفيذاً لما سبق أن تعهدت به الدولة، وهو الموقع الحالي للمتحف، وقد افتتحه الدكتور ثروت عكاشة في يوليو 1962 ضمن الاحتفال بمرور عشر سنوات على ثورة 1952.. وقد وضع التصميم المعماري للمتحف المهندس الفنان رمسيس ويصا واصف، وصدر بهذه المناسبة الدليل الثاني للمتحف.
هذا وقد خضع المتحف لعملية تطوير لنظم العرض المتحفي والإضاءة والنظم الأمنية وتم افتتاحه للجمهور في 12/5/2012.