الفنان محمد ناجى واحد من جيل الرواد الذين وضعوا أساس النهضة الفنية الحديثة، وقد عاش في الإسكندرية وكان له تأثيره الإيجابي على الحركة الفنية فيها، درس الفن في فلورنسا بإيطاليا، وبعد عودته قبيل الحرب العالمية الأولى أصبح ثائراً على الأساليب المدرسية والأكاديمية في الفن وظهر تأثره بالمدرسة التأثيرية، وفي أعماله يميل إلى ربط ماضي مصر الفني القديم بحاضرها، مع شغف بالطبيعة والارتباط بها. كما استلهم الرسم الحائطي عند المصريين القدماء، وتتميز لوحاته بشفافية اللون وتناغمه مع قوة التركيب وتوازنه.
في عام 1952 شيد الفنان محمد ناجى مرسمه بحدائق الأهرام (الموقع الحالي للمتحف) على قطعة أرض كان يملكها، وكان الغرض من إقامة ذلك المرسم هو إتاحة مكان للفنان لاستكمال لوحته الكبرى مدرسة الإسكندرية التي بدأ في رسمها عام 1939 عندما كان مديراً لمتحف الفن الحديث، وقد توفي الفنان في هذا المرسم.
في عام 1962 اشترت وزارة الثقافة المرسم تمهيداً لتحويله إلى متحف للفنان، وقامت شقيقته الفنانة "عفت ناجى" بإهداء الدولة أربعين لوحة زيتية من أعماله، ومجموعة كبيرة من رسومه التحضيرية بالإضافة إلى متعلقاته الشخصية.
في 13 يوليو 1968 افتتح الدكتور "ثروت عكاشة" وزير الثقافة – آنذاك – متحف ناجى للجمهور وفي عام 1987 اقتنت وزارة الثقافة مجموعة أخرى من اللوحات الزيتية الخاصة بناجي، كما أهدت الفنانة عفت ناجى مجموعة أخرى من رسومه للمتحف..
في عام 1991 تم إعادة افتتاح المتحف بعد تطويره.